日本研究學系前身為日文組，創立於一九六七年，一直以來為學生提供副修及選修課程。為進一步促進港日文化學術交流，配合現代社會需要，由一九九一年九月起開設主修課程，並改稱日本研究學系。
本系主修生必修學分為69學分。除本系必修學分外，主修同學尚須依照大學之課業規定修讀妥善，始可畢業。
學習環境及獎助學金
本系擁有設備完善之視聽教室、錄音室、電腦室、日本衛星電視接收系統、大量視聽教材及電腦軟件等供教學研究之用。為配合同學的日語學習進度，本系更把教科書開發成多媒體日語教育軟件，使同學能更有效地學習日語。
課外活動方面有各類型的文娛活動，例如：日資機構及日本人學校的參觀訪問、專題演講、前赴日本之交流研修團、與中大校內日本留學生之交流活動等。同學亦可參與本系系會及日文學會所舉辦的活動，如「日本文化之夜」、「日本文化節」、日語歌唱比賽及演講比賽等，既能充實自己的學習生活，又可以藉此加深對日本的認識。
此外，獎學金方面，除本港政府、中文大學及一般公私機構之獎助學金外，還有一些特別為攻讀日語或日本研究課程而設立之獎學金，例如：大和銀行獎學金（本系於1989年榮獲大和銀行捐贈200萬港元設立獎學金基金）、日本文部科學省獎學金、平和中島財團獎學金及日本國際教育協會（AIEJ）之短期留學生獎學金等。由1992年至2003年，本系主修生曾分別獲得本地及公私機構頒贈逾百多個獎項，總金額高達HK$12,290,008，即平均每人所得金額約為HK$49,357。