中醫學院以開辦「中醫學學士學位」課程，培育中醫師為首要任務，亦接受一些已有第一學位或取得中醫註冊之中醫師修讀研究課程，繼續深造，以獲取碩士或博士學位。與此同時，中醫學院開設「中醫進修文憑」課程，指導執業中醫師溫故知新。中醫學院又與香港中文大學校外進修學院合作，開辦一系列中醫藥進修課程，供各界人士修讀。

2009/10學年所有碩士及博士課程 將於2009年春季開始接受報名。