崇基学院神学院有两大特色：其一，它是由不同宗派教会支持的教牧训练机构；其二，它是设於大学学术环境里的神学教育单位。因此，崇基学院神学院所肩负的一大任务，是促成「神学理论」与「教牧实践」之结合。有见及此，在一九八一年举行之神学教育谘询会中，众教会领袖深觉崇基学院神学院(前身为神学组)与教会极需共同合作，遂建议设立「教牧事工中心」，以加强神学生牧养训练及开拓牧者进修机会。神学校董会於一九八三年原则上接纳此建议，并在中华基督教会香港区会支持下於一九八四年先行成立「教牧事工部」，对此事工作试验性之开展。感谢神，教牧事工部在过往十多年，已获得一定之成绩。一九九八年七月之神学校董会通过聘请一位具神学高级学位及社会工作督导经验之人士担任「实践教育主任」一职，以进一步加强学生在神学理论与实践方面的结合。该职位获世界传道会／那打素基金及陈敬仪女士纪念基金资助得以设立，长期则需倚赖教会及各界人士捐款支持，使教牧事工部可进一步发展。此外，又得蒙世界传道会／那打素基金之资助，本部於二○○○年开始推行「使命实践支援计划」，并聘请了一位具神学高级学位及新闻与传播学学位之同工担任主任一职。此计划发挥「教会智囊团」的角色，以协助香港教会在日益复杂和充满挑战的社会处境中能更有力地实践使命。
因教牧事工部发展迅速，遂於二○○六年八月起增聘一位教牧事工部副主任，以协助全力发展教牧事工丶统筹与重整现有事工丶加强本地牧者之支援系统(於二○○七年开始推行「牧者菁英支援计划」)，以提供牧者持续的灵命塑造丶指导与训练，并进一步巩固神学院与教会之关系。
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