香港中文大學是首所設立宗教系的華人公立大學。宗教系的成立，與中文大學成員書院之一的崇基學院關係密切。崇基學院於一九五一年由本港基督教教會代表合力創辦，目的是要繼承中國內地十三所基督教大學的傳統，其中尤重推動宗教研究與教學，特別是基督教研究及神學教育。一九六八年，成立哲學及宗教系，並於一九七八年再獨立成為宗教系。

二○○四年，中大宗教系擴大為文化及宗教研究系，而宗教系內之神學組亦易名為崇基學院神學院。二○○五至○六年度，文化及宗教研究系先後成立了「人間佛教研究中心」、「天主教研究中心」及「道教文化研究中心」。為配合這個發展，崇基學院神學院在崇基學院神學校董會支持下，決定在文化及宗教研究系設立「基督教研究中心」。

現時廣泛使用的「基督教」一詞，多被理解為十六世紀宗教改革運動後派生的新教傳統，忽略了天主教及正教也是「基督教」(Christianity)傳統不可或缺的一員。本中心的成立，旨在推動及深化基督教三大傳統的研究，並在香港及中國的多元文化及宗教處境下，促進基督教與其他信仰傳統及宗教的交流與對話，從而對現今的世界有所貢獻。