崇基學院於一九五一年由香港基督教教會代表所創辦，繼承以前在中國國內十三間基督教大學之精神，及各宗派之神學教育傳統，並加以發揚光大。本組之歷史源流可追溯至一八六四年，長老會在廣州花地設立之神學訓練學校，該校於一九一四年即與聖公會及循道公會之神學訓練學校合併為廣州協和神學院，於戰時曾先後與華中大學及嶺南大學合作。戰後聖公會、衛理公會與道風山基督教叢林共同創立香港協和神學院，而中華基督教會與循道公會則參加新加坡之三一神學院。
自一九五七年起，崇基學院已開設宗教教育及神學科目。一九六二年，當崇基學院尚未加入中文大學時，神學教育之責，乃由當時獨立組成之崇基神學院擔任，崇基神學院與崇基學院保持密切良好之關係。一九六六年崇真會（巴色差會）亦將其樂育神學院併入；而樂育神學院歷史悠久，設自一八六四年寶安縣之李朗，曾數易院址，最後設校於西貢。當時之崇基神學院乃由中華基督教會、循道公會、聖公會、衛理公會、潮語浸信會及崇真會共同支持，並以中華基督教會之香港神學院為該新組織之核心。其校董會亦由各合作教會之代表所組成，並計劃在崇基學院內興建神學樓。
自一九六八年起，崇基神學院改制。神學訓練工作轉由新設立於崇基學院內之神學組辦理，成為崇基學院哲宗系（現發展為宗教系）之一學術單位。所籌建之神學樓，亦於一九六九年落成啟用。神學課程及學術水準，均為香港中文大學認可，並與其他學系具有同等地位，同受大學之監督。但神學組本身之管理，主要由各合作教會代表組成之神學校董會在崇基學院校董會領導下負責。其經費不受大學撥款委員會資助，主要由教會各界人士及崇基學院校董會支持。為紀念已故之龐萬倫牧師捐出小道風山土地，崇基學院校董會由一九九八年起，撥款設立「龐萬倫基督教與中國文化講師」教席。
崇基神學組亦為東南亞神學教育協會之會員，並為該會所認可之高級神學訓練機構。
崇基神學組之歷屆畢業生，除半數已被教會按立為聖職人員，服務於海內外教會外，另有一半則分別在基督教機構、教育及社會服務機構、工商界及其他專業界服務。
