就讀於崇基學院神學院的大部份同學，皆獲所屬宗派或堂會財政支持；攻讀香港中文大學學位之同學除可申請政府貸款外，哲學碩士及哲學博士之研究生更可申請擔任研究助理之工作；另崇基學院神學院亦獲得中華基督教會香港區會、崇真會救恩堂、美京中華基督教會、聖公會聖多馬堂、聖十架堂、多位校友及支持崇基學院神學院之主內同道捐出獎助學金多項，除部份用作資助經濟上有困難之同學外，亦用作獎勵同學在牧養、事奉、服務、教會合一、群體生活、課外活動、學業靈命等各方面有突出表現之同學，亦有特別資助同學往北美實習及鼓勵女同學接受牧職之獎學金，其中包括：
| 名稱 |
資格 |
| 最具牧者心腸之神學生獎學金 |
男女各一名，獲同學選為最具牧者心腸者 |
| 香港華人基督教聯會神學獎學金 |
攻讀全時間制神學課程，修業滿一年或以上，獲崇基學院神學院教員會推薦者 |
| 汪彼得牧師紀念獎學金 |
品學兼優 |
| 傑出神學生獎 |
學業及靈命、承擔及投入方面均有傑出表現之學生 |
| 胡權氏神學教育專款 |
資助準備在內地事奉之內地學生到本院攻讀碩士或以上課程 |
美京中華基督教會李仁淑及
李梁銀桂紀念基金 |
品學兼優而畢業後願意在香港或內地擔任牧職 |
| 教會合一獎學金 |
給予在教會合一、信徒合一事奉上有積極表現，或對教會合一有特殊負擔的一位同學 |
| 崇真會救恩堂獎學金 |
獎予一位在教牧科表現之優異的同學 |
| 好學不倦精神獎學金 |
獎予攻讀第一個神學學位之學士或碩士學位者，而該生畢業時年齡超過四十歲（以神學日為準） |
| 梁若璋獎學金 |
努力學習，積極參與群體生活及其他課外活動 |
| 關顧鄰舍獎學金 |
在課餘時間，願為崇基學院神學院服務及貢獻，有良好表現者，成績平均積點不低於2.5 |
| 黃羡雲牧師紀念獎學金 |
品學兼優並有志接受牧職之女同學 |
| 紀念沈宣仁教授最佳論文獎 |
頒予本年度一位畢業論文成績最佳之同學 |
| 文化及宗教研究系優異生獎學金 |
頒予文化及宗教研究系一或數名過去數年成績最優異而品行良好之結業同學 |
| 五旬節聖潔會香港總監督獎學金 |
一位願意在畢業後全職事奉而在學業及參予群體生活方面有良好表現之同學，財政上有需要者優先考慮 |
| 黃德榮牧師紀念獎學金 |
獎予具敬虔與愛心，並於日常講道及教會事奉有優良表現的神學生 |
| 洪德身神學教育獎學金 |
頒予一至兩位神學生，願於畢業後作傳道委身事奉 |
| 自強不息獎學金 |
一位學習認真並積極投入校園生活，有經濟需要者而非宗派教會支持之神學生 |
黃宣平紀念獎學金
|
一位對崇基學院及崇基學院神學院之活動，積極參與並有經濟需要，有志於畢業後而從事神職工作者 |
| 宏恩助學金 |
學業成績良好，平均積點不低於2.7而財政有缺欠之神學生，得獎者需於畢業後全職事奉不少於兩年 |
| 龔約翰龐萬倫獎學金 |
獎予非一年級或畢業班而學業成績優異、具領袖才能及有發展潛質之本科生，該名學生並有機會獲續發獎學金一年。須由老師提名，然後再經崇基學院之委員會面試後選出 |
| 中華基督教會長洲堂助學金 |
一位有經濟需要的同學，但成績平均積點需達2.5或以上 |
| 中華基督教會長洲堂獎學金 |
一位在學業、靈命及牧會心志上均表現優異的同學 |
| 李文斌紀念獎學金 |
一至兩位在攻讀院牧課程取得優異成績，並願意畢業後參與院牧或教牧事奉者 |
| 心靈修養三合一獎學金 |
頒予一位至三位神學生，分別為「最具創意」、「最具誠意」、「最具善意」之神學生，此三項獎學金可由一位同學獨得 |
| 紀念周郁晞牧師最佳論文 |
一位畢業論文（範圍：系統神學／基督教教育）成績最佳者 |
李貞明牧師紀念獎學金
（前稱神學生暑期教育獎學金） |
在北美暑期實習之旅費津貼 |
| 崇真會周美珍紀念獎學金 |
頒予在中國基督教及相關科目表現出色之學生 |
| 陳鄭潔雲女士神學教育獎學金 |
資助於本院就讀長期及短期課程之學生，及參加本院舉辦之學術會議之學者 |
| 潘仁智紀念獎學金 |
成績優異而又有志服侍弱勢社群或關心癮好者事工的神學生 |
| 王生巧雲紀念獎學金 |
獎予一位聖經科表現優異同學 |
| 盧顏志鈞紀念獎學金 |
獎予一位內地同學，在品格、學業、事奉心志及參與神學院生活皆有良好表現者 |
| 陳彩恩最具牧者心腸獎學金 |
女神學生一名，畢業後必須於本地或內地事奉 |
| 劉義信姊妹紀念獎助學金 |
獎予一位畢業後委身海外宣教學生和一位宣教科目成續優異學生 |
| 陳蜀蓉、時芳父女獎學金 |
獎予一位有經濟需要的自費學生，此學生須有音樂恩賜並以此恩賜服務本院 |