本部門彙集了細菌學、病毒學和真菌學等各個領域的多位專家學者。我們採取多學科綜合研究方法，與基礎科學、流行病學、公共衛生和臨床醫學等領域的專家進行廣泛而深入的合作。本部門的科研專案涉及微生物學各個領域；其中，我們已經確立了五個研究專題並開展了長期、有系統的深入研究。首先,人類腫瘤病毒專題主要探究人類乳頭狀瘤病毒在子宮頸癌發展中的作用，並揭示微生物感染和人類癌症之間的關聯。在人類呼吸道病毒專題中，我們緊密配合傳染病醫生，調查季節性和大流行性流感, 病毒以及其他重要的臨床呼吸系統病毒的臨床和流行病學特徵 與發病機制。

抗生素耐藥性已成為一個永恆的臨床問題。在耐藥性和抗生素管理專題（連結）中，我們主要研究臨床上重要病原體的傳播和耐藥性發展，並嘗試制定新的戰略，以打擊耐藥致病菌。在結核分枝桿菌、肺炎鏈球菌和其他鏈球菌這兩個研究專題中，我們將深入研究細菌內在因素怎樣和環境因素結合而影響毒力調節及耐藥性的形成，從而瞭解這些香港常見的感染性疾病病原體的傳播,致病及耐藥機制，嘗試開發更為高效可靠的微生物檢測方法和控制措施。